При изработване на теоретичната база за дейност и развитие на АПТА, нашите изследователски и анализаторски екипи постоянно усъвършенстват методиките, способите и стандартите на организацията. Достигат се решения, които са оптимални за прилагане при различни конкретни кризисни ситуации, предизвикани от тероризъм или масово посегателство над лица. Изготвени са типови планове за евакуация на различни строежи и обекти, схеми и методики за действия при незабавна евакуация, методики за проверка на състоянието на евакуационните съоръжения, пътищата и маршрутите за евакуация, както и за определяне на адекватността на избраните зони за евакуация.
Друго направление в дейността на нашите изследователски екипи е насоченo към оптимизиране на работата на частните охранителни дружества, действащи на територията на обекта под антитерористична протекция от АПТА. Издадени са серия от печатни материали на тези теми.
Важно направление от научно- изследователската дейност на АПТА е насоченo към определяне и мониторинг на промените в средата за антитерористична сигурност и влиянието й на състоянието на степента на сигурност в конкретните обекти под антитерористична протекция. Достигнати са определени резултати при изследването на вибрационния и динамичен характер на средата за антитерористична сигурност в зоната на конкретни обекти и начините за оперативно- тактическо управление на състоянието на сигурността при възникване на основателно съмнение за прояви на тероризъм.
Една от основните задачи на съответните научно- изследователски отдели е повишаване на кибер- сигурността в информационните, компютърните, комуникационните и интелигентните системи в обекти под антитерористична протекция от АПТА. Пряко отговорен за тези изследвания и прилагането им на практика е възложено на Отдел „Киберсигурност“ към АПТА.
